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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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Data corrente: |
02/09/2021 |
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Data da última atualização: |
02/09/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA, T. M. M.; LEAO, A. P.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. |
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Afiliação: |
THALITA M. M. FERREIRA, Universidade Federal de Lavras; ANDRE PEREIRA LEAO, CNPAE; CARLOS ANTONIO FERREIRA DE SOUSA, CPAMN; MANOEL TEIXEIRA SOUZA JUNIOR, CNPAE. |
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Título: |
Genes highly overexpressed in salt-stressed young oil palm (Elaeis guineensis) plants. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, Campina Grande, v. 25, n. 12, p. 813-818, 2021. |
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ISSN: |
1807-1929 |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1590/1807-1929/agriambi.v25n12p813-818 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Título em português: Genes altamente superexpressos em dendezeiros jovens (Elaeis guineensis) estressados por sal. |
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Conteúdo: |
Abstract: RNA-seq is a technique based on the large-scale sequencing of transcript-derived cDNAs using next-generation sequencing platforms mostly used today to characterize an organism?s transcriptome. The analysis of RNA-seq data allows for identifying genes differentially expressed in a given condition, such as salt stress. This study aimed to search and characterize genes from the African oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) highly up-regulated during salt stress, with a long-term goal of gene promoter prospection and validation. The apical leaves from the control (electrical conductivity of ~2 dS m-1) and salt-stressed (~40 dS m-1) young oil palm plants, collected at 5 and 12 days after the beginning of the stress, were subjected to extraction of total RNA, with three plants (replicates) per treatment. The complete genome of E. guineensis, available at the National Center for Biotechnology Information, was used as the reference genome - BioProject PRJNA192219. The differential expression analysis led to the selection for further characterization of seven genes, which had increased expressions of 37?84 times under salt stress. The strategy used in this study enabled the selection of seven salt-responsive genes highly up-regulated during salt stress, and some of them coded for proteins already reported as responsible for salinity tolerance in other plant species through over-expression or knockout. Resumo: O RNA-seq é uma técnica baseada no sequenciamento em larga escala de cDNAs derivados de transcritos - por meio de plataformas de sequenciamento de nova geração ? amplamente utilizada atualmente para caracterizar o transcriptoma de um organismo. A análise dos dados de RNA-seq permite identificar genes diferencialmente expressos em uma determinada condição, como o estresse salino. Este estudo teve como objetivo prospectar genes do dendê (Elaeis guineensis) responsivos ao estresse salino e realizar sua caracterização funcional e estrutural. A folha apical de plantas jovens de dendê controle (condutividade elétrica de ~2 dS m-1) e estressadas (~40 dS m-1), coletadas aos 5 e 12 dias após o início do estresse, foi submetida à extração de RNA total, com três plantas (repetições) por tratamento. O genoma completo de E. guineensis, disponível no ?National Center for Biotechnology Information?, foi utilizado como genoma de referência - BioProject PRJNA192219. A análise da expressão diferencial levou à seleção de sete genes, cujo nível de expressão aumentou entre 37 e 84 vezes sob estresse salino, para posterior caracterização. A estratégia utilizada neste estudo permitiu a seleção de sete genes responsivos ao sal suprarregulados durante o estresse, e alguns deles codificam proteínas já relatadas como responsáveis pela tolerância à salinidade em outras espécies de plantas por superexpressão ou knock-out. MenosAbstract: RNA-seq is a technique based on the large-scale sequencing of transcript-derived cDNAs using next-generation sequencing platforms mostly used today to characterize an organism?s transcriptome. The analysis of RNA-seq data allows for identifying genes differentially expressed in a given condition, such as salt stress. This study aimed to search and characterize genes from the African oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) highly up-regulated during salt stress, with a long-term goal of gene promoter prospection and validation. The apical leaves from the control (electrical conductivity of ~2 dS m-1) and salt-stressed (~40 dS m-1) young oil palm plants, collected at 5 and 12 days after the beginning of the stress, were subjected to extraction of total RNA, with three plants (replicates) per treatment. The complete genome of E. guineensis, available at the National Center for Biotechnology Information, was used as the reference genome - BioProject PRJNA192219. The differential expression analysis led to the selection for further characterization of seven genes, which had increased expressions of 37?84 times under salt stress. The strategy used in this study enabled the selection of seven salt-responsive genes highly up-regulated during salt stress, and some of them coded for proteins already reported as responsible for salinity tolerance in other plant species through over-expression or knockout. Resumo: O RNA-seq é uma técnica baseada no sequenciamento em larga escala de... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise de expressão diferencial; Differential expression analysis; Estresse salino; Genes responsivos ao sal; RNAseq; Salt-responsive genes; Transcriptômica. |
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Thesagro: |
Dendê; Elaeis Guineensis; Gene; RNA. |
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Thesaurus Nal: |
Salt stress; Transcriptomics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225681/1/Genes-highly-overexpressed-in-salt-stressed-2021.pdf
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Marc: |
LEADER 04093naa a2200349 a 4500
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005 2021-09-02
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| Registros recuperados : 50 | |
| 2. |  | MARQUES, H. P.; SIQUEIRA, F. G. de; LEAO, A. P.; SOUZA JUNIOR, M. T. Otimização de métodos de extração de DNA genômico dos basidiomicetos Panus lecomtei CC40 e Pleurotus pulmonarius EF88. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 4.,2017, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 33-38.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 5. | | ROSADO, T. B.; LEAO, A. P.; SANTOS, R. F. dos; LAVIOLA, B. G.; GRATTAPAGLIA, D. Taxa de cruzamento em pinhão manso estimada por meio de marcadores RAPD. In: CONGRESSO DA REDE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE BIODIESEL, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 7., 2010, Belo Horizonte. Biodiesel: inovação tecnológica e qualidade: anais. Lavras: UFLA, 2010. v. 1 p. 127-128.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 6. | | ALVES, A. A.; PEREIRA, V. M.; LEAO, A. P.; FORMIGHIERI, E. F.; CAPDEVILLE, G. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Advancing palm genomics by developing a high-density battery of molecular markers for Elaeis oleifera for future downstream applications. In: CONGRESS OF THE BRAZILIAN OF BIOTECHNOLOGY, 5., 2013, Florianópolis, SC. Abstracts... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 7. | | NASCIMENTO, M. S.; SOUZA, R. A. V.; CAMILLO, J.; LEAO, A. P.; LAVIOLA, B. G.; SOUZA JUNIOR, M. T. Multiplicação de plantas de pinhão manso via organogênese a partir de discos cotiledonares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISA EM PINHÃO-MANSO, 2., 2011, Brasília, DF. Pinhão-manso: focando em soluções sustentáveis para produção de biocombustíveis: anais. Brasília, DF: Embrapa Agroenergia: ABPPM, 2011. 1 CD-ROM. (Embrapa Agroenergia. Documentos, 005). Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 8. | | MORAIS, P. B.; CAPDEVILLE, G. de; FARIAS, M. P.; SOUZA JUNIOR, M. T.; FALCÃO, R.; LEAO, A. P. Estudo do desenvolvimento meiótico de cromossomos em microsporócitos coletados de inflorencências de Elaeis oleifera subamostra coari. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 118-120| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 9. | | NASCIMENTO, M. S.; SOUZA, R. A. V.; CAMILLO, J.; LEAO, A. P.; LAVIOLA, B. G.; SOUZA JUNIOR, M. T. Enraizamento e aclimatização de plantas de pinhão-manso oriundas da organogenese a partir de discos cotiledonares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISA EM PINHÃO-MANSO, 2., 2011, Brasília, DF. Pinhão-manso: focando em soluções sustentáveis para produção de biocombustíveis: anais. Brasília, DF: Embrapa Agroenergia: ABPPM, 2011. 1 CD-ROM. (Embrapa Agroenergia. Documentos, 005). Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 12. | | ALVES, A. A.; FORMIGHIERI, E. F.; CAMILLO. J.; LEAO, A. P.; CAPDEVILLE, G. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Revisiting an Unfinished Business: the Genome Content of Elaeis guineensis, E. oleifera and its Inter-specific Hybrid. In: INTERNATIONAL PLANT AND ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego, USA. Anais... Wuerselen: Lemna Tec GmbH, 2012. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 14. | | FERREIRA, T. M. M.; FERREIRA FILHO, J. A.; LEAO, A. P.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Structural and functional analysis of stress-resonsive genes and their selected promoters from young oil palm (ELAEIS GUINEENSIS) under two abiotic stresses. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 320| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | SOUZA JUNIOR, M. T.; CAPDEVILLE, G. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMILLO, J.; ALVES, A. A.; LEAO, A. P. Whole Genome Sequencing of the E. oleifera South-American Wild Oil Palm. In: INTERNATIONAL PLANT AND ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego, USA. Anais... Wuerselen: Lemna Tec GmbH, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 17. | | VARGAS, L. H. G.; LEAO, A. P.; FARIAS. P. de F.; ALVES, A. A.; FORMIGHIERI, E. F.; CAPDEVILLE, G. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Avaliação da fragmentação do DNA genômico de Elaeis guineensis Jacq e Elaeis oleífera (Kunth) Corté por meio de ondas sonoras de alta frequência e autoclavagem. In: WORKSHOP AGROENERGIA, 6., 2012, Ribeirão Preto, SP. Anais... Ribeirão Preto: APTA; Campinas: IAC, 2012. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 18. | | PEREIRA, V. M.; FILHO, J. A. F.; LEAO, A. P.; FORMIGHIERI, E. F.; SOUZA JUNIOR, M. T.; RIOS, S. de A.; ALVES, A. A. Molecular characterization and genetic structure of american oil palm (Elaeis oleifera) based on genome-wide SNP markers. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 122-124.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | SALGADO, F. F.; LEAO, A. P.; GRYNBERG, P.; COSTA, M. M. do C.; TOGAWA, R. C.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Prediction and annotation of miRNAs and the preponderant role of transcription factors in the response of Elaeis guineensis Jacq to abiotic stresses of drought and salinity. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFOMATICS (BSB 2023), 16., 2023, Curitiba, PR. [Proceedings...]. Porto Alegre, RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2023.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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